Tuesday, 5 December 2017

幸褔的煩惱:有位朋友本BNO響德國被當成BC


是咁的,分享一段關於BNO既小故事
幾年前同有位朋友去德國旅行,咁我位朋友係用BNO既,而筆者用既係加拿大護照
當我地去到慕尼黑時,就去左火車站拎埋本passport去activate張Eurail Pass(歐洲火車證)
當我個fd去activate張Pass時,但職員同佢講唔可以幫佢activate,理由係佢係歐盟公民,而歐盟公民係唔可以用比遊客用既歐洲火車證搭火車既
咁我個fd就同個職員解釋喇,話佢係從香港黎,仲show埋張香港身份證出黎,但個職員都係耍手擰頭,話香港身份證唔係國藉證明,而佢本BNO就證明左佢係英國人,即係歐盟公民,而歐盟公民係唔可以用歐洲火車證
跟住我個fd又同個職員講,呢本野係BNO唔係BC,國藉一欄寫住British National (Overseas),佢特別強調係Overseas,然後仲show埋比個職員睇佢既英國留學簽證(我個fd響英國讀書),講話如果係BC既話去英國讀書唔需要簽證既
但可能因為出名憨直既德國唔會有呢種冇本國居留權既騎呢護照,個職員冇辦法理解BNO既理念,個職員仍然不為所動,解釋左一輪佢都仍然認定本BNO係BC,最後佢冇辦法我個fd終於叫左個上級黎,解釋左一大輪,先至說服左個上級本BNO唔係歐盟公民,而佢係可以用歐洲火車證搭火車。咁先至幫佢activate左張Eurail Pass
個上級仲補充左一句,Munich is the worst place to get anything stamped

Monday, 4 December 2017

科技史系列:淺談DNA測序的原理(5)之方興未艾的第三代測序技術

簡介完次世代測序技術(NGS),我地可以睇到NGS憑藉大規模並行測序的優勢將單個鹼基既測序成本大幅度下降,而隨住NGS既進步,人類基因組既測序成本由人類基因圖譜計劃時既30億美金下降到今日既$1000美金,其進步速度遠遠超過摩爾定律。然而NGS有佢本身既問題,當中最重要既係讀長太短,由幾十到幾百個鹼基,所以響不斷重覆既序列會出問題,而且PCR過程當中,有機會因聚合酵素加入錯誤的鹼基而導致測出錯誤的序列。所以學者們並無滿足於NGS而停低開發新技術既腳步,到左2000年代末2010年代初,所謂第三代既測序技術嶄露頭角。第二代同第三代測序技術既最主要分別係:第二代測序需要進行PCR擴增既過程,然後利用一大堆PCR產物響測序反應中放出既集體光訊號檢測鹼基序列,而第三代測序技術就可以唔需要經過PCR擴增既步驟,直接對樣品DNA進行測序,因此第三代測序既核心就係單分子測序。單分子測序技術雖然已經有商用產品推出市面,但目前尚未成熟,而且因為各種技術困難並未直接威脅到第二代測序技術既領導地位。響簡短既篇幅當中,我會簡介兩種單分子測序技術:Pacific Biosciences既ZMW同埋Oxford Nanopore既納米孔測序。

Pacific Biosciences既ZMW



太平洋生物科技公司Pacific Biosciences於2004年成立,2011年推出基於ZMW技術既第三代測序技術平台:PacBio RS,最新的Sequel System測序儀則於2015年被推出市場。ZMW的基本原理仍然是基於四種不同螢光標記的核苷酸,在單分子實時測序中使用的核苷酸螢光標記位於磷酸根處。實際操作上,DNA樣本經切割處理及加入譯引子後,會首先被加入到一塊佈滿小孔的玻璃片上(這些小孔被稱為ZMW),每個小孔的底部有一個DNA聚合酵素,光源則被置於玻璃片下方。高溫下DNA樣本的雙螺旋分離成兩條單鏈,單鏈則跟聚合酵素結合,每當聚合酵素將一個核苷酸加入到成長中的DNA單鏈中時,玻璃片底下的光源會激活核苷酸上螢光染劑標記發出螢光。而照相機則會記錄下螢光的顏色從而解讀出鹼基序列。當核苷酸被加入DNA鏈後,焦磷酸會被釋放出來,而與焦磷酸相連的螢光標記會離開DNA聚合酵素,而螢光信號則消失。當加入下一個核苷酸時,它的螢光標記會被激活而放出第二個螢光信號。不斷重覆此步驟循環直到整條模板DNA被完成測序。利用ZMW的測序技術可以有非常長的讀長,從數千到數萬個鹼基不等。最新的Sequel System測序儀可以一次測序最多30,000個鹼基的長度。此外它也可以在不改變模板DNA序列的情況下偵測DNA的甲基化鹼基(methylation,在表觀遺傳學epigenetics上有重大研究價值)。然而其弱點則是錯誤率比較高,而偵測單分子放出的微弱螢光信號在技術上仍存在挑戰。

ZMW小孔:單分子實時測序(SMRT sequencing)既核心技術

單分子實時測序技術的簡介短片

Oxford Nanopore既納米孔測序



Oxford Nanopore的測序原理非常簡單,其基本原理離不開將長鏈DNA分割成可測序的片段,然後利用電泳原理,將DNA片段的單鏈(可以通過加入DNA解螺旋酵素DNA Helicase將雙螺旋的DNA分子分拆成兩段單鏈)通過一個僅僅足夠容許DNA分子通過的小孔(小孔可以是蛋白質或固態solid state納米孔)。然後設立一個電路跨越這個小孔,再讀取這個電路裡微弱電流的改變。由於當不同的鹼基通過小孔時電流會出現細微的改變,因此只要通過記錄並解讀這些改變,模板DNA的完整序列就能夠被解讀出來。納米孔測序可以用作連續測序非常長的DNA分子,甚至可以測序數萬以至數十萬個鹼基的長度,而納米孔測序跟ZMW一樣可以在不改變DNA序列的前提下偵測鹼基的甲基化,並測序RNA分子,以便利表觀遺傳學的研究。它也根本不需要用到螢光染劑標記的核苷酸,因此試劑(reagent)成本很低。然而納米孔測序目前仍然在研發階段,其主要技術困難在於單個鹼基通過納米孔時的電流改變實在太少,而且DNA單鏈通過納米孔時的速度太快,單個鹼基停留在納米孔內的時間太短(1-5微秒),導致記錄困難。

Oxford Nanopore的測序

簡介完兩種第三代測序技術後,這個關於DNA測序技術發展科技史的系列文章就來到尾聲。DNA測序技術由Sanger法走到納米孔,這二十年來測序技術的發展可謂翻天覆地。直到今日測序技術仍在不斷的往前邁進,更強大的測序能力使得生物學家能夠更深入地窺探遺傳學的秘密。

總結兩種第三代DNA測序技術的原理

《科技史系列:淺談DNA測序的原理》全文完

Saturday, 2 December 2017

科技史系列:淺談DNA測序的原理(4)之SOLiD連接法


除了邊合成邊測序外,次世代測序技術還有一種基於連接酵素的方法,利用兩段DNA片段連接時的鹼基配對(base pairing),偵測出要測序的DNA序列。這種連接法2006年由應用生物系統公司Applied Biosystems商用化,商品名稱為SOLiD,全名為Sequencing by Oligonucleotide Ligation and Detection。SOLiD系統的DNA樣品製備類似另外兩種次世代測序技術,首先是將長鏈DNA分割成可測序的長度,大約數十個鹼基長度的序列,然後這些DNA片段的頭尾兩端會被連接到連接序列(adapter sequence)上,然後樣品會被加入到充滿連接序列的顆粒溶液中,DNA片段會跟連接序列配對,從而被固定到顆粒上。然後就是PCR的步驟,DNA聚合酵素會以連接序列為譯引子,將顆粒上的DNA片段擴增,使顆粒表面佈滿準備要用作測序的模板DNA。接下來,顆粒會被固定到玻璃片上,並被放置於SOLiD測序儀內,準備下一輪的測序步驟。

SOLiD的樣品製備和PCR擴增步驟

SOLiD的測序反應需要DNA連接酵素(DNA ligase),P1譯引子(primer),最關鍵的部分則是一個8個鹼基長度的單鏈DNA探針(oligonucleotide probe),探針頭部為兩個鹼基(總共有16種可能性,AA、AT、AC、AG、TA、TT、TC、TG、CA、CT、CC、CG、GA、GT、GC、GG,因此稱為雙鹼基編碼技術two base encoding),探針中部有三個能跟任何鹼基配對的universal base,而尾部則是三個帶有螢光染劑標記的universal base。測序儀會加入探針和連接酵素,探針會跟模板DNA上的鹼基配對,當配對成功後,連接酵素會將探針的3' -OH跟前一段單鏈DNA的磷酸根連接起來,此時照相機會記錄探針上的螢光標記,以確定被加入的探針到底16種當中哪四種(由於只有4種螢光染劑,所以4種鹼基組合會共用一種螢光染劑)。當記錄完成後,探針尾部的3個鹼基和螢光染劑會被切除洗走,曝露出5'磷酸根準備下一輪的反應。當反應完成後,新的譯引子會被加入,新的譯引子會比舊的移動一個鹼基的位置,所以測序開始的位置會順延一個鹼基。然後探針會被加入,DNA連接酵素會對配對正確的螢光探針連接到譯引子上,開始新一輪的測序。當完成一個循環後,又一個新的譯引子會被加入,再重覆上述探針測序的過程,直至完整的序列被會部解讀出來為止。

雙鹼基編碼技術的螢光探針是SOLiD技術的核心
SOLiD連接法測序的簡介短片

SOLiD技術的優點是由於它使用了雙鹼基編碼技術,因此其準確度非常高,此外它也可以作大規模平行測序,一次過能產生大量的測序數據,因此單鹼基的測序成本較低。然而它也有相應的缺點,當中最明顯的缺點是讀長。SOLiD測序的讀長大約只有75個鹼基(早期型號只有35個鹼基),不但遠不如Sanger法的1000個鹼基,更短於另外兩種競爭對手:焦磷酸測序法和可逆鏈中止法的讀長。如果利用SOLiD法測序一個人類基因組,將需要30倍的覆蓋(30x coverage),即重覆測序整個人類基因組30次。因此SOLiD技術恃其高準確度優勢主要用作測試SNP有優勢。

科技史系列:淺談DNA測序的原理(3)之Illumina可逆鏈中止法

次世代測序技術之Illumina公司的可逆鏈中止法


454生命科學公司推出基於焦磷酸測序法的平台之後,次世代DNA測序技術發展迅速,新的技術推陳出新。2006年,Illumina螢光公司推出基於可逆鏈中止法的次世代測序技術。可逆鏈中止法的基本原理跟Sanger法有異曲同工之妙,顧名思義,可逆鏈中止法的DNA鏈當加入帶有螢光染劑標記(fluorescence dye tag)的特殊核苷酸後暫時停止延長,這些特殊核苷酸的作用類近於Sanger法中所使用的ddNTP。然而可逆鏈中止法所用的螢光標記核苷酸不同於Sanger法使用的ddNTP,在Sanger法中當鏈終止後就無法再繼續延長,而螢光標記記核苷酸的terminator是可以移除的,所以當terminator被移除後另一個核苷酸就能被加入到DNA鏈中,以作下一輪的測序。因為測序過程是跟DNA鏈的延長同時進行,因此這種方法亦被稱為sequencing by synthesis,即邊合成邊測序。

Illumina的可逆鏈中止法實際操作上由三個主要步驟組成:擴增、測序、數據分析。第一個步驟當然又是將長鏈DNA打碎成DNA片段,然後DNA片段的頭尾兩端會跟兩種連接序列(adaptor)連合,接著DNA片段會被放置於一塊布滿兩種連接序列單鏈的玻璃片上。這些連接序列單鏈被固定(covalently attached)於玻璃片上,DNA片段上的頭尾兩段連接序列會跟玻璃片上相對應的兩段連接序列單鏈結合(hybridize),形成橋狀(倒U形)的結構。然後DNA聚合酵素會以玻璃片上的連接序列作譯引子(primer),從而產生出一條與準備要測序的DNA鏈相互補、而又被固定響玻璃片上既模板DNA(template DNA)。經過多次PCR既過程,玻璃片上就會出現一堆堆(cluster)被固定響玻璃片上而序列相同的模板DNA鏈。擴增的步驟就此完成,接下來的就是最關鍵的測序步驟。

可逆鏈中止法擴增的步驟,在最後一步可見PCR擴增後產生的DNA叢集

可逆鏈中止法的測序步驟需要連接序列譯引子、DNA聚合酵素、帶有螢光標記及terminator的特殊核苷酸,以及用來偵測螢光的照相機。首先,連接序列譯引子與固定在玻璃片上的模板DNA的尾部連接序列結合,然後DNA聚合酵素會每次將一個特殊核苷酸加入到正在生成的DNA鏈中。當特殊核苷酸被加入DNA鏈後,照相機會拍下螢光的顏色,不同顏色的螢光標記代表A、T、C、G四種不同的鹼基。當拍下照片後,特殊核苷酸上的螢光標記和terminator會被移走,DNA聚合酵素會接著加入下一個特殊核苷酸,然後相機會再拍下照片。如此類推,通過捕捉每次加入特殊核苷酸的螢光顏色,DNA鏈的序列就能被解讀出來。

可逆鏈中止法的測序步驟示意圖


可逆鏈中止法的優點是可以大規模平行測序,每次運行測序步驟均能產生大量的序列,而且比較起焦磷酸測序法,多個相同鹼基的重覆序列也能被清楚判斷(因為每次測序反應只加入一個核苷酸)。而且Illumina的機器擁有優秀的單鹼基測序成本,最新的Illumina HiSeq X超高通量測序儀可以以$1000美金的超低成本,以30倍覆蓋(30x coverage)測序整個人類基因組。然而可逆鏈中止法也有它的缺點,當中最大的缺點就莫過於讀長。最新一代的Illumina機器最多只能有150個鹼基的讀長,少於454的焦磷酸測序法,更遠少於Sanger法的1000個鹼基的讀長。而且Illumina公司的產品成本亦相當高昂,除了如BGI等大型基因研究所外,小型實驗室很多都負擔不起購置大量Illumina測序儀的費用。

人類基因組測序費用跌破$1000美金,有賴超高通量測序儀的引入所賜
Illumina公司推出的測序產品

Friday, 1 December 2017

科技史系列:淺談DNA測序的原理(2)之454焦磷酸測序法

次世代測序技術的誕生:焦磷酸測序法(pyrosequencing)

454生命科學公司基於焦磷酸測序法的DNA測序儀

上集提到,利用Sanger法測序雖然有準確度高同埋讀長長既優點,但成本極高同無法大規模平行測序亦都係好明顯既缺點。為左解決呢個問題,學術界有必要開發新既測序技術。焦磷酸測序法的原理最早響1993年公布,到2005年由454生命科學公司推出商用產品,這是首個被推出商用市場的次世代DNA測序儀。焦磷酸測序法主要倚賴探測DNA聚合酵素將每個核苷酸加入延長中的DNA鏈時放出的焦磷酸(pyrophosphate, PPi)從而確定DNA的序列。由於焦磷酸測序法不需要在DNA鏈延長過程期間終止它的延長,可以邊合成邊測序。這就是焦磷酸測序法的核心精髓。

焦磷酸測序法工作流程

咁焦磷酸測序法實際操作上又係點既呢?測序的第一個步驟跟Sanger法是一樣的,就是將長鏈DNA分子分割成數百個鹼基長度的片段,然後將轉接序列(adapter sequence)連結到準備用作測序的DNA片段上。轉接序列的用途包括固定DNA片斷至顆粒(beads)以及提供PCR及測序反應的譯引子(primer)。將含有DNA片段的顆粒加入到油滴及水的溶液當中並進行PCR(emulsion PCR),DNA聚合酵素將DNA片段擴增(amplify)到可以進行測序的數量,然後測序過程開始。

測序反應需要單鏈模板DNA、dNTP、APS、譯引子(primer)、DNA聚合酵素、硫酸化酵素(sulfurylase)、螢光素(luciferin)、螢光素酵素(luciferase)、用作降解核苷酸的apyrase和偵測螢光的照相機。譯引子粘合於固定在顆粒上的模板DNA片段上,DNA聚合酵素開始將核苷酸加入到延長中的DNA鏈上,過程中當每一個dNTP加入到DNA鏈上時,就會放出一個焦磷酸,焦磷酸會和溶液中的APS結合,在硫酸化酵素的催化下形成一個ATP,ATP則會在螢光素酵素的催化下跟螢光素結合,這個反應會發光,發出的光會被照相機所捕獲。測序儀會循序加入dATP、dTTP、dCTP和dGTP,如果序列跟加入的核苷酸互補(complimentary)就會發光,反之則不會發光。光的強度則代表有多少個核苷酸被加入到DNA鏈中。每次反應後,apyrase會將上一次反應用剩的核苷酸降解,以便加入新的核苷酸。將過程不斷循環,就會獲得用作測序的DNA序列。


454/羅氏焦磷酸測序法的優點是可以大規模並行測序,每次測序均可以產生出大量的序列原始數據,然而缺點則是讀長比Sanger法短(GS20大約百餘個鹼基,新的焦磷酸測序法可達到700個鹼基的讀長),以及在不斷重覆的序列中較難分辨有多少個核苷酸被加入到DNA鏈中。

焦磷酸測序法短片

隨著DNA測序競爭的白熱化,新的次世代測序技術隨之誕生,作為第一款投入應用的次世代測序技術,焦磷酸測序法很快就要面對螢光公司Illumina的可逆鏈中止法(reversible terminator method)及ABI公司的DNA連接法SOLiD的競爭(sequencing by ligation)。454/羅氏焦磷酸測序法終於在2013年退出了次世代測序技術的市場,完成了它的歷史使命。

科技史系列:淺談DNA測序的原理(1)之鏈終止法/Sanger法

DNA測序技術,係遺傳學家分析人類及其他生物基因既重要工具。自從1950年代DNA雙螺旋結構被Watson and Crick發現以來,基因組研究已經行左好遠既路。由2003年人類基因圖譜計劃完成,直到最近人類基因組測序的費用跌破$1000美金,並開始應用響醫療領域,DNA測序技術既進步已經遠遠超越好多人既預期。響呢個post入面,樓主會簡介一下到底DNA係乜,同埋DNA測序及相關技術既原理。

DNA:絕大部分生物所使用的遺傳物質

DNA,中文名稱脫氧核醣核酸,係絕大部分生物所使用的遺傳物質。除左少量病毒使用RNA作為遺傳物質之外,其他高等生物均無一例外使用DNA作遺傳用途。DNA係長長既鏈狀結構,由兩條反平行(anti-parallel,即係平行但方向調轉,其中一條5'->3',另一條方向則為3'->5')既長鏈狀分子所組成,兩條鏈互相纏繞而成雙螺旋結構(double helix)。每條DNA由醣-磷酸骨架(Sugar-phosphate backbone)同鹼基(base)組成,醣-磷酸骨架連接每個鹼基形成長鏈,而鹼基則負責儲存遺傳信息。鹼基基本上有分四種:A、T、C、G。鹼基有一種特性叫鹼基對(base pairing),即係一條鏈上既A相對反方向鏈既相同位置就係T、C則對G,調返轉亦都一樣。而DNA鏈上ATCG四種鹼基既排序,則儲存著生物遺傳相關既信息。相比起化學上較不穩定既RNA,DNA係化學上穩定既分子,唔容易降解同被破壞,呢個亦都係大部分生物將佢用作遺傳用途既原因,因為佢可以將遺傳信息穩定咁由一代傳到下一代。


響真核生物既細胞入面,DNA遺傳物質主要集中響細胞核(nucleus)入面,而DNA響細胞核入面唔係以裸分子(naked DNA)形態存在,而係同組織蛋白(histone)同其他蛋白質結合組成染色體(chromosome)。響細胞分裂期間,染色體以聚結形態出現,而響非分裂期間,則以染色質(chromatin)形態出現。響基因組入面,DNA鹼基對既數量按唔同生物品種有所區別,以人類基因組為例,則有23對染色體,大約30億對鹼基對。

染色質在細胞核內的結構
在細胞分裂期間染色質凝聚成為染色體

大約認識左DNA既化學結構同特點,下集正式開始介紹如何為DNA鹼基測試排序

DNA測序的鼻祖:鏈終止法,或稱Sanger法


鏈終止法,或稱Sanger法,於1970年代由弗雷德里克·桑格(Frederick Sanger)及其同事所創,至今仍廣為應用的DNA測序法。Sanger法首先必須按照DNA已知的序列設計一個譯引子(primer),響聚合酵素連鎖反應法(Polymerase Chain Reaction,PCR)入面,DNA聚合酵素會模仿自然界中DNA複製(DNA replication),從譯引子既3'羥基 -OH group開始,利用反應物當中所含的核苷酸(nucleotide,即DNA長鏈的組成部分),延長一條新的反方向DNA長鏈,最終完成一條新既雙螺旋。鏈終止法顧名思義,就係利用延長鏈過程當中中止反方向長鏈既生成,產生出一堆不同長度既DNA鏈。然後再利用不同長度DNA鏈可被分離的特性,從而探測出DNA終止位置的每個鹼基到底係A、T、C定係G。呢個就係超簡化既Sanger法基礎原理。

咁到底Sanger法實際操作係點進行呢?

首先,試管入面要有準備用作測序的DNA(template DNA),譯引子(primer)。並且提供延長DNA鏈所需用既building block,即四種核苷酸dATP、dTTP、dCTP、dGTP(統稱dNTP),以及延長反方向DNA鏈既催化劑(catalyst),即DNA聚合酵素(DNA polymerase)。另外,試管入面仲會加入一種特別既核苷酸,呢個核苷酸缺乏位於核醣(ribose)第三個炭原子既羥基(3' hydroxyl group,或稱3' -OH group),因此被稱為雙脫氧核苷酸(dideoxynucleotide)。雙脫氧核苷酸係PCR反應當中終止反方向DNA鏈延長所用的抑制劑,負責停止延長反應。由於它缺乏3' -OH group,DNA聚合酵素當加入一個雙脫氧核苷酸後無法繼續像正常一樣將另一個核苷酸的磷酸根跟3' -OH group反應,因此該DNA鏈不再延長。呢d雙脫氧核苷酸總共有四種,ddATP、ddTTP、ddCTP、ddGTP(統稱ddNTP)。而雙脫氧核苷酸上則以放射性原子(radioactive atom)或染色劑(dye)作標記,以便不同長度的DNA鏈按長度分離後偵測出該終止位置的鹼基類別。

雙脫氧核苷酸結構和一般核苷酸結構,雙脫氧核苷酸缺乏3' -OH group,因此當DNA鏈加入雙脫氧核苷酸後,則無法再繼續延長
Sanger法的工作流程

有齊所有反應物之後,試管會被放置到PCR機器當中,PCR機器首先會利用高溫將DNA雙螺旋當中的兩條長鏈分開(denaturation),然後會降溫以便譯引子(primer)及聚合粘著準備要測序的DNA長鏈。然後再度升溫,讓聚合酵素開始工作,將dNTP加入正在生成中的長鏈上。在過程中,聚合會隨機加入ddNTP從而令DNA延長過程中止。PCR機器會不斷重覆升溫、降溫的循環,當若干循環後,一大堆不同長度的DNA鏈就會出現在試管內。然後試管內容物會被移送到DNA測序儀內。DNA測序儀內有一個裝有緩衝溶液的水缸,一塊滿佈小孔的凝膠,及位於水缸兩端的陰陽兩極。由於DNA分子當中擁有帶負電荷的磷酸根(phosphate group),當通電後DNA會在凝膠內向正極移動。越長的DNA越重,移動得越慢,而較短的DNA則較輕,移動得越快,因此通電後長短不一的DNA就會按長度分開。在過程中,DNA測序儀會探測經過的ddNTP上的螢光染劑。由於ddATP、ddTTP、ddCTP、ddGTP四種ddNTP上所用不同顏色的螢光染劑,機器便可以區分開經過的DNA鏈到底終止位置的鹼基到底是A、T、C或是G。利用Sanger法,我們可以得到800-1000個鹼基的排列資訊,我們稱之為「讀長」(read length)。但咪住先,你頭先咪話人類基因組有成30億對鹼基對,如果Sanger法只能產生800-1000個鹼基的讀長,咁佢點可以用來測序整個人類完整基因組既鹼基排列呢?


答案:人類基因圖譜係利用好多好多短既、800-1000個鹼基長度既DNA斷片(fragments)拼接而成。因此學者必須將人類基因組既超長DNA鏈進行降解、切割成可測序的長度,並對大量既短DNA斷片進行測序,最後利用唔同斷片之間既重疊序列,好似砌puzzle一樣拼合而成一個完整的基因組。測序一個人類基因組,如果利用Sanger法大約需要6倍既覆蓋(6 fold coverage),即係要測序整個基因組長度既DNA 6次,先至可以產生足夠重疊序列用作拼合成一個完整的基因組。

人類基因圖譜係利用重疊序列拼合成一個完整的基因組

Sanger法係1990年代人類基因圖譜計劃所用既測序技術,但Sanger法無法大規模平行操作,因此單鹼基測序成本非常高昂。在人類基因圖譜計劃當中,冷泉港實驗室大量的老式3730型測序儀日以繼夜地運作,足足運作了十三年、耗資30億美金先至將第一個人類基因組序列完成。到左2000年代中葉,新測序技術既發明先至將DNA測序既價格開始降低。新測序技術(Next generation sequencing technology),或稱次世代測序技術既誕生,最終形成左一場革命,徹底改變左DNA測序既成本、市場同應用。關於呢d次世代測序技術,就容筆者下次再講。

大量的老式3730型測序儀日以繼夜地運作先至將第一個人類基因組序列完成